为确保增值税转型改革顺利实施，做好增值税、消费税和营业税之间的衔接，会议审议并原则通过了《中华人民共和国增值税暂行条例(修订草案)》、《中华人民共和国消费税暂行条例(修订草案)》和《中华人民共和国营业税暂行条例(修订草案)》。会议决定，上述草案经进一步修改后，由国务院公布施行
 

自2004年7月1日起，东北、中部等部分地区先后进行增值税转型改革试点，取得预期成效。为扩大国内需求，降低企业设备投资的税收负担，促进企业技术进步、产业结构调整和转变经济增长方式，会议决定，自2009年1月1日起，在全国所有地区、所有行业推行增值税转型改革。改革的主要内容是：允许企业抵扣新购入设备所含的增值税，同时，取消进口设备免征增值税和外商投资企业采购国产设备增值税退税政策，将小规模纳税人的增值税征收率统一调低至3%，将矿产品增值税税率恢复到17%。